1、根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》及民政部的相关的规定，申请登记民办非企业单位的主要程序是：
（1）由举办者或举办单位在预先征得主管单位的同意后，向登记管理机关提出名称预先核准申请报告，经登记管理机关核准并出具《通知书》后，再向业务主管单位提出申请。
（2）由举办者或举办单位负责起草登记申请书、章程草案等文件，办好验资报告、场所使用权证明、拟任法定代表人或负责人基本情况、从业人员名单及职业资格证明等材料。已具备申请民办非企业单位成立登记的各项条件后，报请业务主管单位审查。业务主管单位要对拟成立的民办非企业单位进行认真的审查，认为情况属实，并符合设立民办非企业单位的各项条件，签发同意设立的文件。
（3）举办者或举办单位向登记管理机关提出申请报告，并持业务主管单位签发的同意设立的文件，连同法规规定的文件和证明材料，一同报登记机关受理。经登记管理机关审核批准设立的，签发同意设立的文件，并发给民办非企业单位登记证书。
2、申请登记民办非企业单位，应当具备下列条件：
（1）由业务主管单位并经审查同意。申请登记民办非企业单位，必须由于该民办非企业单位业务相关的行政管理部门或者经政府授权的组织作为业务主管单位。筹备成立民办非企业单位的举办者，应当向该其业务主管单位提出申请，由业务主管单位根据行业管理的有关规定及政策，结合本行业发展的需要，对筹备成立民办非企业单位的有关章程、资金、人员资格、场所设备等内容进行审查。经业务主管单位审查同意设立并签发文件的，才具备成立民办非企业单位的首要条件。
（2） 由规范的名称和必要的组织机构。申请成立民办非企业单位，必须有自己的名称，以区别于其他社会组。民办非企业单位的名称，要符合民政部制定的《民办非企业单位名称管理暂行规定》，准确反映该民办非企业单位的宗旨与业务范围。设立组织机构是民办非企业单位开展活动的必要条件，它应当与成立的宗旨、所承担的业务基本单位的规模相适应。
（3）有与其业务活动相适应的从业人员。根据民办非企业单位的不同类型，对从业人员由一定的技术或技能方面的要求，如民办医院，就要求有与医院规模相适应的具有医师资格的人员。因此，民办非企业单位的从业人员数量要与该单位的规模及业务量相一致。不同的行业如果对本行业范围内成立民办非企业单位的从业人员由专门要求的，该民办非企业单位的从业人员必须符合行业要求。
（4） 有与其业务活动相适应的合法财产。这是保证民办非企业单位能正常开展业务活动，促进其宗旨确定的事业发展的经济基础，是民办非企业单位承担民事责任的必要物质条件。 申请登记民办非企业单位，必须具备与其规模、业务活动范围和业务量相适应的合法财产，资金数额必须达到该行业所规定或要求的开办资金的最低限额。在其合法财产中，非国有资产的份额不得低于总财产的三分之一。同时，财产的来源必须合法，必须是来自正当的渠道，并且不违背国家法律、法规和有关政策。
（5） 有必要的场所。民办非企业单位是实体性组织，与其业务范围相适应的场所是开展业务活动的所在地。民办非企业单位的活动场所至少要求有一个，如业务活动需要或受客观条件的限制可以由两个或多个。但是，民办非企业单位业务活动的场所的设置地，不能超越登记管理机关和业务主管单位所管辖的区域。
上述五项是申请登记民办非企业单位的必备条件。必须强调，只有具备了以上五个条件，才能向登记管理机关提出申请登记；只具备其中一个或若干个条件，是不能提出申请登记的。
3、申请民办非企业单位登记，举办者应当向登记管理机关提交下列材料：
（1）登记申请书。其内容应当包括：举办者单位名称或申请人姓名；拟任法定代表人或负责人的基本情况；申请成立的目的、理由、业务范围；可行性论证；活动资金及经费来源；筹备的基本情况等。
（2）业务主管单位的批准文件。其内容包括对举办者章程草案、资金情况（其中非国有资产是否占资金总额的三分之二以上）、拟任法定代表任或者负责人基本情况、从业人员资格、场所设备、组织机构等内容的审查结论。
（3）场所使用权证明。如场所为举办者直接拥有，应提供具有法律效力的场所所有权证明；如场所为举办者租（借）用的，应提供租（借）用合同，其租赁期必须在1年以上。
（4）验资报告。民办非企业单位申请登记时开办资金，必须经会计师事务所或者其他有验资资格的机构验资并出具验资报告，开办资金数额必须达到该行业有关法律、法规所要求的最低限额，并且资金中非国有资产不得低于资金总额的三分之二。
（5）拟任法定代表人或负责人的基本情况、身份证明。申请人在申请登记时，应当提供拟任法定代表人或负责人的基本情况和身份证明，包括：姓名、性别、民族、年龄、目前人事关系所在单位及职务或职称、政治面貌、是否受到过剥夺政治权力的刑事处罚、是否具有完全民事行为能力、个人简历等。身份证明为该人的《居民身份证》复印件。登记机关认为有必要时可验证《居民身份证》原件，拟任法定代表人或负责人应予以提供。对合伙制的民办非企业单位，拟任单位负责人是指所有的合伙人。因此，要提供所有合伙人的上述基本情况和身份证明。申请人应根据所申请民办非企业单位的类型，分别填写民办非企业单位法定代表人登记表、民办非企业单位（合伙）负责人登记表、民办非企业单位（个体）负责人登记表。
（6）章程草案。章程是民办非企业单位自我规范、自律管理的重要文件，必须具有合法性。如果未经登记管理机关核准，或者章程的内容违背了《民办非企业单位登记管理暂行条例》的规定，将失去效力，也得不到法律的保护。因此，在申请登记民办非企业单位时，申请人必须将已经业务主管单位审查同意的章程草案提交给登记管理机关，由登记管理机关核准，经核准后方能生效。
（7）内设机构情况。可详细填写民办非企业单位内设机构备案表，每个内设机构填一份。
（8）上述材料完备的，应按民办非企业单位的三种不同类型，分别填写民办非企业单位（法人）登记申请表、民办非企业单位（合伙）登记申请表、民办非企业单位（个体）登记申请表，一并报登记管理机关。
（9）拟任法定代表人或负责人其户籍关系不在厦门的，应提供目前在厦门的暂住证明，还需提供户籍所在地的派出所、居委会的身份证明材料，以及人事关系所在单位的证明材料。
（10）申请民办非企业单位，起法定代表人或负责人的户籍不在本地的，举办单位（举办者）应提供一份拟任法定代表人或负责人任职的说明。
（11）其他应提供的材料。
